Die Aufbereitungseinheit für Medizinprodukte (AEMP) des Klinikum-Klagenfurt am Wörthersee besteht seit 1961. Bevor man eine eigene Abteilung für die Sterilisation installierte, wurden die Produkte in der Anstaltsapotheke des LKH Klagenfurt sterilisiert. Aufgabe der derzeit 24 MitarbeiterInnen der AEMP ist es, die Produkte, wie z.B. OP-Instrumente, Anästhesieprodukte (Beatmungssysteme) usw., vorzureinigen, zu waschen, zu desinfizieren, zu sortieren, zu pflegen, abzupacken, zu prüfen, zu sterilisieren und zu transportieren. So ist die AEMP mit der Versorgung von Sterilgütern für das gesamteKlinikum-Klagenfurt am Wörthersee zuständig.

Die AEMP Klagenfurt betreibt den einzigen Niedertemperatursterilisator (Ethylenoxid, kurz ETO) in Kärnten. Da das Klinikum-Klagenfurt am Wörthersee als einziges über einen ETO-Sterilisator verfügt, werden auch alle anderen Kärntner Krankenhäuser und das Rote Kreuz mitversorgt. Die ETO-Sterilisation wird bei temperaturempfindlichen Produkten (z.B Implantate, diverse Kunststoffe) eingesetzt.